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Text File  |  1995-03-04  |  3.2 KB  |  72 lines
  1. ************************************************************
  2. * FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signatures *
  3. ************************************************************
  4.  
  5. FKBP [1,2,3]  is  the major high-affinity binding protein, in vertebrates, for
  6. the immunosuppressive    drug  FK506.  It  exhibits  peptidyl-prolyl cis-trans
  7. isomerase activity (EC 5.2.1.8) (PPIase or rotamase). PPIase is an enzyme that
  8. accelerates protein  folding  by  catalyzing  the   cis-trans isomerization of
  9. proline imidic peptide bonds in oligopeptides [4].
  10.  
  11. At least three different forms of FKBP are known in mammalian species:
  12.  
  13.  - FKBP-12, which is cytosolic and inhibited by both FK506 and rapamycin.
  14.  - FKBP-13,  which  is  membrane  associated  and  inhibited by both FK506 and
  15.    rapamycin.
  16.  - FKBP-25, which is preferentially inhibited by rapamycin.
  17.  
  18. These forms  of  FKBP are evolutionary related and show extensive similarities
  19. [5,6,7] with the following proteins:
  20.  
  21.  - Fungal FKBP.
  22.  - Mammalian  hsp  binding  immunophilin  (HBI)  (also  called  p59). HBI is a
  23.    protein which binds to hsp90 and contains three FKBP-like domains in its N-
  24.    terminal section - the first of which seems to be functional.
  25.  - The C-terminal  part  of  the  cell-surface  protein  mip  from  Legionella
  26.    pneumophilia; a protein  associated with macrophage infection by an unknown
  27.    mechanism.
  28.  - Escherichia coli metal-binding protein slyD [8].
  29.  - Streptomyces hygroscopus and chrysomallus FK506-binding protein.
  30.  - Chlamydia trachomatis 27 Kd membrane protein.
  31.  - Neisseria meningitidis strain C114 PPiase.
  32.  - Probable PPiases from Escherichia coli (yaaD),  Pseudomonas fluorescens and
  33.    from Pseudomonase aeruginosa.
  34.  
  35. We developed  two  signature  patterns  for  these proteins. One is based on a
  36. conserved region  in  the  N-terminus  of  FKBP,  the  other is located in the
  37. central section.
  38.  
  39. -Consensus pattern: [LIVMC]-x-[YF]-x-[GVL]-x(1,2)-[LFT]-x(2)-G-x(3)-[DE]-
  40.                     [STAEQ]-[STN]
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 7.
  43.  
  44. -Consensus pattern: [LIVMFY]-x(2)-[GA]-x(3,4)-[LIVMF]-x(2)-[LIVMFH]-x(2)-G-
  45.                     x(4)-[LIVMF]-x(3)-[PSGA]-x(2)-[AG]-[FY]-G
  46. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  47. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  48.  
  49. -Note: cyclophilin, the  protein  that  binds to  the  immunosuppressive  drug
  50.  cyclosporin A, is also a PPIase but  its sequence is not  at  all  related to
  51.  that of FKBP (see the section on cyclophilin-type PPIases).
  52.  
  53. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  54.  
  55. [ 1] Tropschug M., Wachter E., Mayer S., Schoenbrunner E.R., Schmid F.X.
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  57. [ 2] Stein R.L.
  58.      Curr. Biol. 1:234-236(1991).
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  60.      Cryan J., Hodges P.J., Sigal N.H.
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  72.